При помощи материала ProRoot MTA удается восстановить поврежденные ткани зуба в местах перфораций, которые происходят при некоторых заболеваниях или как осложнения эндодонтического лечения. Паста вносится в необходимое место, а затем под контролем рентгенографии или визиографии стоматолог контролирует процесс восстановления целостности зуба. Зачастую необходимо вносить порцию несколько раз, чтобы собственный дентин смог достроиться и сформировать «заплатку» изнутри в проекции повреждения.